iLat Tutorial – Part 2:
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Notice: The Fermi code has not been released to the public and is for use by members of the LAT Collaboration only! |
Getting started:
After performing the steps in Part 1: Setup, launch iLat from the command line by entering:
chuckp@noric06 $ iLat
A message similar to the following will be displayed:
TUnixSystem::SetDisplay:0: RuntimeWarning: DISPLAY not set, setting it to isoc-chuckp.slac.stanford.edu:0.0
Session Log file: iLat.history
and, after delay of ~30 seconds, or so, the following message will be displayed, followed by an iLat prompt:
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* W E L C O M E *
* T O *
* iLat (interactive LAT analysis Tools) *
* version: v0r0p0 June 2008 *
* Started by G. Tosti *
* Based on script by J. Chiang *
* Contributors: GRB Analysis by N. Omodei *
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Session started by user: tramacer Date: 2008-10-02T15:35:03.142719
To access shell commands prefix the command with "$"
Type "py" to access python interpreter
Type "quit" to exit
Type "help" to view the list of commands
Note: Commands used in this tutorial are shown to the right of the iLat prompts in the highlighted lines below; explanatory notes follow each command, and links to popup examples are included as appropriate.
ILAT>setwd ./ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
To set your working directory. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Getting LAT Data – Option 1: |
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ILAT>setdcdir /Data/Flight/Level1/LPA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
To set the data repository. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ILAT>getdcft 243756000.0 243842400.0 ft1.fits ft2.fits | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See: Example_01. |
To get ft1 and ft2 data: Tstart(MET) Tstop(MET) ft1-file-name ft2-file-name. |
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Optionally, you could use the following command: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ILAT>getdcft 2008-09-22 06:00:00 2008-09-23 06:00:00 ft1-a.fits ft2-a.fits | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Note: You can use "convmet" and "convdate" to switch from MET to DATE and viceversa. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ILAT>$ls | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ft1.fits ft1list.list ft2.fits ft2list.list | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ILAT>setevtcl 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See: Example_02. | To select the DIFFUSE class events. |
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Getting LAT Data – Option 2: |
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ILAT>getastroft2 243756000.0 243842400.0 ft2.fits | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ILAT>getastroft1 243756000.0 243842400.0 100 300000 343.4906163 16.1482111 25 2 ft1_diffuse.fits | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ILAT>$ls | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Note that the diffuse file has been created: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ft1.fits ft1_diffuse.fits ft1list.list ft2.fits ft2list.list | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Parameters Setting and Model Definition |
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ILAT>setft1 ft1_diffuse.fits | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
To use the ft1 file with the DIFFUSE class selected. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ILAT>setft2 ft2.fits | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See: Example_03. | To set the ft2 file. |
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ILAT>setirfs P6_V1_DIFFUSE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Note: You must set the irf according to the evtclass selection. Refer to: 'Summary of response function sets' | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ILAT>setene 100 300000 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Set energy boundaries in MeV. Note: setene does not change the initial ft1 file, but it will affect subsequent analysis steps. |
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ILAT>setroi 343.6566 16.1494 15 25 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ILAT>xmlmodel 0.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See: Example_04. |
We run a source detection for the ROI, looking for the sources therein and generating from them a corresponding xml model file to use in the likelihood analysis. Notes:
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ILAT>$ls | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See: Example_05. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ILAT>$cat region_0000_pgw_map.list | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See: Example_06. | To see the content of the PGWave detection. |
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Also see: ds9 rendition of the Counts Map and PGWave Results (region_0000_pgw_map.fits) |
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ILAT>$cat region_0000.xml | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See: Example_07. | To look at the content of the xml model file (that will be used by the likelihood). Note: It is important to check the results of the PGWave count map and data to ensure that the inputs you will use when running the likelihood analysis are good and that there are no surprises that may lead to confusing results (e.g., two photon sources within the roi when only one is expected, the possibility of which increases with the length of the exposure). |
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Performing Likelihood |
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ILAT>ltcube | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See: Example_08. | To generate the livetime cube. |
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ILAT>diffuse | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See: Example_09. | Note: The diffuse command calculates diffuse responses for Galactic diffuse and Extragalactic (isotropic) sources. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ILAT>expmap | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See: Example_10. | To generate exposure map for Likelihood analysis. Refer to: Likelihood Tutorial: Make an Exposure Map. |
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ILAT> $ls | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See: Example_11. |
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ILAT>setulike region_0000_evt.fits expCube_0000.fits expMap_0000.fits region_0000.xml | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
To set ROI, exposure map, and XML model. Note: The command line shown above has wrapped. |
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ILAT>ulike 3C454-like-results.dat | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See: Example_12.
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To run the likelihood and store the results in the file 3C454-like-results.dat; the model for the source is PowerLaw2. Refer to: Likelihood Tutorial: PowerLaw2. |
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Also see: |
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ILAT>$ls | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See: Example_13. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ILAT>$cat 3C454-like-results.dat | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See: Example_14. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ILAT>$cat iLat.history | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See: Example_15. | The iLat.history file stores all the commands of the last session. |
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ILAT>exec iLat.history | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
To read and execute an iLat.history file. |
Owned by: | Gino Tosti and Andrea Tramacere |
Last updated by: Chuck Patterson 01/08/2009 |